主体功能区的设立为生态补偿的实施范围提供了空间维度的划分依据。云南省主体功能区划涉及云南全省8个省辖市、8个少数民族自治州，共129个县(区、市)，很多还是相对贫困的少数民族自治地区，同时涉及到国土资源、环保、财政等多个行政部门。由于各方在目标和利益方面存在着一定的冲突，因此针对主体功能区的生态补偿管理比较混乱，再加上没有完善的政绩评价机制，造成了各主体功能区对辖区内生态环境资源无节制开发利用的局面，导致全省范围内生态资源质量下降、矿产资源浪费、生物多样性减少、湖泊富营养化、自然灾害频繁发生等生态问题。虽然各地陆续完成了一系列生态工程，在一定程度上保护了当地生态环境发展，但是这些生态工程缺乏统一规划，整体跨区域的生态效益有待加强。

所谓主体功能区生态共建共享机制是指在主体功能区框架中，优化开发区和重点开发区为限制开发区和禁止开发区的发展提供相应的资金和技术的支持，相反，限制开发区和禁止开发区要为优化和重点开发区的可持续发展提供良好的生态环境 [ 2 ]。不同功能区之间存在的成本和效益的相互转移是主体功能区资源开发和生态环境保护的过程中不容忽视的问题。在云南省主体功能区现行的体制和机制下，禁止开发区和限制开发区的正向效益(生态环保效益)以向优化开发区和重点开发区转移为主，其付出生态成本则主要由禁止开发区和限制开发区承担。限制开发区和禁止开发区的生态保护需要投入大量的人力、物力、财力才能保持优良的生态与环境，才能符合其在主体功能区划中的功能定位。由于云南主体功能区划中的限制开发区和禁止开发区大多属于少数民族贫困地区和经济发展落后地区，这种大量的直接和间接投入，在很大程度上会影响当地经济发展速度，导致生态保护投入地区与生态效益受益地区的差距进一步扩大，最终限制开发区和禁止开发区将由于自身经济实力薄弱而使生态保护难以为继 [ 3 ]。

云南主体功能区划中优化开发区和重点开发区多为经济较为发达、城镇化程度较高的地区，占用了大量优质的生态资源，但是这两个功能区并没有过多的参与到生态恢复和保护建设中。更甚者，优化开发区和重点开发区的生态破坏等负向效益的外溢除了影响自身还客观上造成了对禁止开发区和限制开发区生态安全的严重威胁。目前主要采取对这些区域收取同等价值的排污费等行政手段回收生态成本资金，通过财政转移支付方式将这些资金用来对禁止开发区和限制开发区进行污染治理、环境保护、生态工程建设等工作，这种直接“输血式”的资金补偿措施就会导致优化和重点开发区的部分企业错误的生态观念的产生，认为只要按时足额交纳排污费等相关行政费用就可以忽视生态保护，毫无顾忌的进行生产，追求经济利益的最大化。这种补偿措施的长期施行，不利于各主体功能区建立生态共享共建的补偿机制，而只能形成单一依靠财政转移支付的简单生态补偿体制。从云南省长期可持续发展的角度来看，我们需要在主体功能区框架内，建立一种以“谁受益谁补偿，谁破坏谁治理，谁共享谁共建”为基本原则的区域生态共建共享补偿机制。

根据生态补偿的理论，我们应遵循“谁受益谁补偿，谁污染谁付费”的基本原则来确定主体功能区生态补偿的主客体。从生态学来看，补偿主体划分为生态破坏者、生态受益者以及最终的管理者三种类型。但是在生态补偿的实践中无法十分清晰的将生态补偿的产权主体有效划分。特别是在不同功能区间的生态补偿，产权上始终存在着诸多难以解决的问题和矛盾。例如，在云南省主体功能区划中，一些自然保护区零星分布在优化、重点开发区范围内，使得它们可能已经作为生态补偿的对象受到了补偿，但是从总的区划来说它们又分布于优化开发区与重点开发区中，应当作为区域补偿主体对其他禁止开发区进行补偿，再加上主体功能区与实际行政区划范围不完全重叠等问题导致生态补偿的主客体不明确，这势必会造成生态补偿相关政策实施力度减弱。因此，云南省各功能区间不仅要分清“破坏者”、“受益者”是谁，还要具体分清“破坏者”和“受益者”具体是在生态效益还是经济效益方面受益，最后才能明确补偿主体和客体，完善生态补偿机制。

从目前来看，云南省生态补偿都以垂直方向补偿为主要模式，政府可以被认为是主体功能区生态补偿的最主要的补偿主体。按照云南省主体功能区的划分，优化开发区和重点开发区作为云南省生态补偿的受益方，云南省政府直接向限制开发区和禁止开发区政府进行垂直生态补偿。作为生态补偿的重要补偿形式，平行方向的区域间财政转移支付制度并未对主体功能区生态补偿机制的建立和完善发挥应有的支持作用。

云南主体功能区的生态补偿机制建设应当因地制宜，生态补偿的主体应当根据各主体功能区具体的情况来精确的界定，大致包括各区域内的各级人民政府、社会团体和普通居民三种。但是不同的功能区之间、同功能区内不同的行政区域之间、不同的社会团体乃至不同的个人之间，仍然需要我们对生态补偿的主客体进行准确的区分，这样才有利于在实践中提升生态补偿的效率和价值，实现主体功能区生态补偿的准确性、合理性。各功能区需要制定可行性方案，统一规划，统一协调，建立健全区域财政转移支付制度，将这种平行方向的生态补偿模式引入到生态补偿机制中来。实现在各功能区之间、同一功能区内的不同行政区域之间、同一行政区域内的不同社会团体之间、同一社会团体内的不同的个体之间进行以财政转移支付为主要模式的区域生态补偿机制。补偿主体的多元、补偿责任的明晰将会为建立合理、有序、完善的主体功能区生态补偿机制起到促进作用。

因地制宜的对每个主体功能区的外部经济性进行精确的量化，是主体功能区生态补偿机制构建的核心环节。建立具体的、可操作性强的生态补偿机制就是要为主体功能区中生态受损者和生态效益贡献者提供增加性的补偿，在生态经济学理论中则对应表现为正外部性内化的复杂过程。在云南主体功能区划中，限制开发区与禁止开发区由于区域内生态环境的特殊性，其自然资源开发利用的经济价值有所减弱，但是生态系统服务所提供的价值却得到大幅提升。在经济学理论中，生态系统服务是具有公共产品属性和社会资本属性的服务，还未纳入市场运行机制，其产生的外部经济效益量化很困难。因此，禁止开发区和限制开发区产生的生态效益和生态服务价值无法准确计量。在现行的国民经济核算体系中，生态系统服务价值独立于可算体系外，并不会在GDP中得到反映，这导致国家或公共投资的部门和企业在投资决策过程中往往会忽视生态系统服务所创造的价值。虽然生态系统服务还没有纳入经济体系之内被看作是经济的外部性，但是在实践中，生态系统服务的外部性降低了生产成本，同时也给各相关利益主体带来效用和福利。

从理论上来讲，生态补偿的最佳补偿额应该以生态系统服务价值作为生态补偿的标准 [ 4 ]。生态补偿标准决定了补偿的多少，关系到生态补偿的实施效果。但是，对生态系统服务价值的研究水平还处于初级阶段，方法还不完善，争议也较多，具体实践起来很困难，再加上生态系统服务价值难以用数字计算，而可以计算的替代价值又缺乏一定的准确性。因此，以生态系统服务价值作为生态补偿的标准现阶段还无法普遍推行。特别是在主体功能区分区基础上确定生态补偿标准，还需要我们对其核算方法和过程进行更具体更深层次的研究和优化。

按照主体功能区的功能定位原则，限制开发区与禁止开发区实现其生态服务职能的同时不得不禁止和限制区域内有些产业的发展，出现了“吃饭”与“发展”的矛盾与问题。具体来说，在禁止开发区与限制开发区严格禁止与限制不符合功能定位的发展，实施退耕还林还草、退田还湖等生态保护工程，而该类型区的居民绝大多数都以从事农业生产活动为生，生态工程建设造成当地农民失去了生产资料——土地，造成了贫困现象的发生。再如，为了保护生态环境，很多产业项目无法获得审批，也导致当地经济发展的落后。为了生态保护而剥夺当地居民发展经济的权利，是一种不公平的社会现象。建立合理的生态补偿机制，对禁止开发区和限制开发区进行生态补偿的同时还应该考虑到当地居民的发展问题，在符合功能定位的基础上发展绿色产业，加快当地居民的脱贫致富步伐。

在经济学中，生态资源属于公共物品范畴，也是社会公共的资源。我们对各种自然保护区的建立与维护，就是一种对公众资源和公共利益保护的社会行为。但是在目前的经济发展模式中，优化开发区和重点开发区迫于区域经济增长的压力，出现对自然资源的过度利用，这些行为严重损害了其他公众的利益。政府对各个功能区的规划和管理也存在误区，优化开发区与重点开发区的发展太过注重经济建设，忽略了生态保护与自然资源的可持续利用，没有充分考虑社会公众的整体生态利益。因此，在主体功能区生态补偿机制中，应该充分维护社会公众利益，禁止开发区和限制开发区实现生态效益的同时兼顾经济发展的公平，重点开发区和优化开发区也要在合理发展经济的同时担起生态保护的社会责任，处理好部分与整体利益的关系。